„Vor vielen Jahrhunderten, zur Zeit als die Pyramiden erbaut wurden, spielten ägyptische Pharaonen ein Spiel von gewaltiger und schrecklicher Macht: Das Spiel der Schatten!

Dieses Spiel mündete in einem Krieg von unvorstellbarem Ausmaß, der die ganze Welt zu zerstören drohte, bis ein mutiger und mächtiger Pharao die Magie bändigte und sie in mystischen Gegenständen gefangen hielt.

5000 Jahre später lüftete ein Junge namens Yugi das Geheimnis des Millenniums-Puzzles, die alten mystischen Energien durchströmten ihn, weil das Schicksal ihn dazu auserwählt hat, die Welt vor der Rückkehr des Spiels der Schatten zu bewahren; so wie es einst der mutige Pharao getan hatte - 5000 Jahre zuvor!“

Mit diesen Worten beginnt YuGiOh! Die Geschichte um einen Jungen, der von seiner Vergangenheit eingeholt wird um seinem Schicksal entgegenzutreten.

Yugi Muto lebt bei seinem Großvater in einem Spielkartenladen. Von ihm erhält er das Milleniumspuzzle. Er baut es zusammen und lüftet das Geheimnis dieses Milleniumsgegenstandes: Der Geist des Pharaoh geht auf Yugi über. In der Schule erzählt Yugi seinen Freunden von einem neuen Kartenspiel namens "Duell Monsters". Unter anderem erzählt er auch, dass sein Großvater einen Kartenladen leitet. Seto Kaiba, ein Mitschüler Yugis und Leiter der Kaiba Corp., schnappt diese Information auf und geht zu dem Laden um dort den legendären "Weißen Drachen mit eiskaltem Blick" zu erwerben. Der Großvater jedoch weigert sich aus persönlichen Gründen, diese Karte hezugeben.

Es kommt zu einem Duell, welches der Großvater verliert und daraufhin einen Herzanfall erleidet. Yugi tritt daraufhin gegen Kaiba an. Mit der Hilfe des Milleniumsgeistes verwandelt er sich in Yami Yugi. Durch die Unterstützung seiner Freunde und dem Glauben an das Herz der Karten gelingt es Yugi die Kartenkombination "Exodia" heraufzubeschwören. Er gewinnt das Duell.

Der Erfinder des Spiels, Maximillion Pegasus, erfährt von dem Sieg Yugis über Kaiba. Die Duellist Kingdom Staffel beginnt und damit auch die Geschichte um einen kleinen Jungen, der das Schicksal vieler auf den Schultern trägt und nur mit Hilfe seiner Freunde bestehen kann.